Alpha Centauri, một trò chơi chiến lược theo lượt với bối cảnh khoa học viễn tưởng, được chơi từ góc độ đẳng cự. Nhiều tính năng trò chơi từ Civilization II có mặt, nhưng được đổi tên hoặc điều chỉnh một chút: người chơi thiết lập căn cứ (thành phố của Civilization II), xây dựng cơ sở (tòa nhà) và các dự án bí mật (Kỳ quan thế giới), khám phá lãnh thổ, nghiên cứu công nghệ và chinh phục các phe phái khác (nền văn minh). Ngoài việc chinh phục tất cả các phe phái không liên minh, người chơi cũng có thể giành chiến thắng bằng cách lấy phiếu từ ba phần tư tổng dân số (tương tự như chiến thắng Ngoại giao của Civilization IV), "dồn vào thị trường năng lượng toàn cầu", hoàn thành dự án bí mật Ascent to Transcendence, hoặc cho các phe ngoài hành tinh, xây dựng sáu Máy phát không gian con.

Bản đồ chính (hai phần ba trên của màn hình) được chia thành các ô vuông, trên đó người chơi có thể thiết lập căn cứ, di chuyển các đơn vị và tham gia chiến đấu. Thông qua việc xác định địa hình, người chơi có thể sửa đổi các hiệu ứng của các ô vuông bản đồ riêng lẻ về di chuyển, chiến đấu và tài nguyên. Tài nguyên được sử dụng để nuôi sống dân cư, xây dựng các đơn vị và cơ sở, và cung cấp năng lượng. Người chơi có thể phân bổ năng lượng giữa nghiên cứu vào công nghệ mới và dự trữ năng lượng. Không giống như Civilization II, công nghệ mới cấp quyền truy cập vào các thành phần đơn vị bổ sung thay vì các đơn vị được thiết kế sẵn, cho phép người chơi thiết kế và tái thiết kế các đơn vị theo sự ưu tiên của phe họ. Dự trữ năng lượng cho phép người chơi nâng cấp các đơn vị, duy trì cơ sở vật chất và cố gắng giành chiến thắng theo kịch bản Thị trường năng lượng toàn cầu. Căn cứ là các điểm mạnh và mục tiêu quân sự quan trọng đối với tất cả các chiến lược chiến thắng. Họ sản xuất các đơn vị quân đội, xây dựng dân số, thu thập năng lượng và xây dựng các dự án bí mật và Máy phát điện Subspace. Các cơ sở và các dự án bí mật cải thiện hiệu suất của các căn cứ riêng lẻ và của toàn bộ phe.

Ngoài việc tạo địa hình, tối ưu hóa hiệu suất cơ sở cá nhân và xây dựng các dự án bí mật, người chơi cũng có thể có lợi cho phe phái của mình thông qua kỹ thuật xã hội, các nhóm thăm dò và ngoại giao. Kỹ thuật xã hội sửa đổi các phần thưởng và hình phạt dựa trên ý thức hệ bắt buộc bởi sự lựa chọn phe phái của người chơi. Các đội thăm dò có thể phá hoại và đánh cắp thông tin, đơn vị, công nghệ và năng lượng từ căn cứ của kẻ thù, trong khi ngoại giao cho phép người chơi tạo liên minh với các phe phái khác. Nó cũng cho phép thương mại hoặc chuyển giao các đơn vị, căn cứ, công nghệ và năng lượng. Hội đồng hành tinh, tương tự như Hội đồng Bảo an Liên Hợp Quốc, thực hiện các hành động trên toàn hành tinh và xác định chiến thắng dân số.

Ngoài những tiến bộ công nghệ tương lai và các dự án bí mật, trò chơi bao gồm cuộc sống ngoài hành tinh, cấu trúc và máy móc. "Xenofungus" và "nấm biển" cung cấp các hình phạt về di chuyển, chiến đấu và tài nguyên, cũng như che giấu cho "giun tâm" và "bệ phóng bào tử". Bất động "tháp nấm" sinh sản bản địa. Cuộc sống bản địa, bao gồm "Đảo sâu" và "Hải cẩu" trên không và "Locust of Chiron" trên không, sử dụng chiến đấu psionic, một hình thức chiến đấu xen kẽ mà bỏ qua vũ khí và áo giáp. Đơn vị sửa chữa nguyên khối và cung cấp tài nguyên; hiện vật mang lại công nghệ mới và đẩy nhanh các dự án bí mật; cột mốc cung cấp tiền thưởng tài nguyên; và các sự kiện ngẫu nhiên thêm nguy hiểm và cơ hội. Sự phát triển quá mức dẫn đến sự nở hoa của nấm phá hủy và cuộc sống bản địa mới.

Alpha Centauri cung cấp chế độ một người chơi và hỗ trợ tùy chỉnh và nhiều người chơi. Người chơi có thể tùy chỉnh trò chơi bằng cách chọn các tùy chọn ở đầu trò chơi, sử dụng các trình chỉnh sửa kịch bản và bản đồ tích hợp và sửa đổi các tệp trò chơi của Alpha Centauri. Ngoài lựa chọn bảy phe (hoặc 14 trong Alien Crossfire), các tùy chọn trước trò chơi bao gồm trò chơi kịch bản, bản đồ ngẫu nhiên tùy chỉnh, mức độ khó và quy tắc trò chơi bao gồm điều kiện chiến thắng, kiểm soát nghiên cứu và kiến ​​thức bản đồ ban đầu. Trình chỉnh sửa kịch bản và bản đồ cho phép người chơi tạo các kịch bản và bản đồ tùy chỉnh. Các quy tắc cơ bản, hộp thoại ngoại giao và khả năng bắt đầu của phe phái nằm trong các tệp văn bản, "các nhà thiết kế đã cố gắng hết sức để dễ dàng sửa đổi..., ngay cả đối với những người không lập trình." Alpha Centauri hỗ trợ chơi qua email ("PBEM") và chế độ TCP / IP có chuyển động đồng thời và giới thiệu đàm phán trực tiếp giữa người chơi với người chơi, cho phép giao dịch công nghệ, năng lượng, bản đồ và các yếu tố khác không bị giới hạn.